C'est avant tout un débat christologique qui a été considéré pendant longtemps comme une hérésie par l'Eglise Catholique.
Il s'agit d'une histoire bien compliquée, reposant sur des doctrines théologiques extrêmement précises.
Tentons donc de suivre un ordre chronologique.

Une des questions que se posent les chrétiens au Vème siècle, est de définir la nature du Christ : est-elle humaine ou est-elle divine?

En 431, au concil d'Ephèse, il avait été admis par les chrétiens que le Christ n'avait qu'une seule nature, divine à laquelle s'adjoint un corps humain : la nature humaine a été absorbée par la nature divine. Cette doctrine est dite monophysite.
Mais il existait parallèlement deux anti-thèses : le nestorisme (il n'y a pas union en Jésus-Christ des deux natures humaines et divines) et le monophysisme extrémiste (les thèses d'Eutychès : Christ est Un, à la fois Divin et Humain). Si le concile d'Ephèse rejette donc d'un bloc le nestorisme, il laisse la porte ouverte aux thèses d'Eutychès.

L'Eglise Chrétienne réunie en concile à Chalcédoine en 451, rejette la doctrine monophysite d'Eutychès, en définissant que les 2 natures sont distinctes mais unies dans une seule personne (diophysisme).

Absent du concile de Chalcédoine, les théologiens arméniens soupçonnent les membres du concile d'avoir été influencés par l'hérésie nestorienne et décident de s'en tenir aux dispositions du concil d'Ephèse.

La rupture est donc consommée.

Pour en savoir plus, la meilleure solution, mais pas la plus simple, est de vous plonger dans des ouvrages théologiques.